تحصيلات تکميلی دانشگاه آزاد اسلامي مشهد از سال 1369 با پذيرش دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد در دانشکده علوم انساني و سپس در دانشکده‌های هنر و معماري، علوم پايه و مديريت و حسابداري فعاليت خود را آغاز کرد. در سال‌های بعد، ضمن افزايش ظرفيت پذيرش دانشجو، دوره‌های کارشناسی ارشد در ساير دانشکده‌ها از جمله دانشکده حقوق ، علوم سياسي و زبان هاي خارجي در سال 1380 و دانشکده مهندسي در سال 1382 ايجاد شد.

همگام با پيشرفت قابليت‌های علمی دانشگاه، روند رو به رشد دوره‌های تحصيلات تکميلی ادامه يافت و نخستين دوره دکترا در سال 1373 در دانشكده علوم انساني و در رشته هاي الهيات و معارف اسلامي- تاريخ و تمدن ملل اسلامي و زبان و ادبيات فارسي افتتاح شد ؛‌متعاقب آن در سال 1375، دانشکده‌ علوم پايه در رشته رياضي محض شروع به پذيرش دانشجوی دکترا نمود .

تحصيلات تکميلی دانشگاه از زمان تأسيس تاکنون فعاليت‌های چشمگيری در زمينه‌های ايجاد، تقويت و گسترش دوره‌های کارشناسی ارشد و دکترا داشته است که در نتيجه‌ی آن، اخذ مجوز 21 رشته در مقطع دكتري تخصصي و 68 رشته در مقطع كارشناسي ارشد تاكنون و كسب رتبه اول تحصيلات تكميلي در بين دانشگاه هاي آزاد اسلامي شرق كشور بوده است.