تحصيلات تکميلی دانشگاه آزاد اسلامي مشهد از سال 1369 با پذيرش دانشجو در مقطع کارشناسی ارشد در دانشکده علوم انساني و سپس در دانشکده‌های هنر و معماري، علوم پايه و مديريت و حسابداري فعاليت خود را آغاز کرد. در سال‌های بعد، ضمن افزايش ظرفيت پذيرش دانشجو، دوره‌های کارشناسی ارشد در ساير دانشکده‌ها از جمله دانشکده حقوق ، علوم سياسي و زبان هاي خارجي در سال 1380 و دانشکده مهندسي در سال 1382 ايجاد شد.